Introducción: Los Trastornos del Espectro Autista (TEA) constituyen una severa afección que se manifiesta desde edades tempranas. La incidencia de esta patología se incrementó considerablemente en las últimas décadas y se estima que afecta en la actualidad del 1-2% de la población infantil mundial. La complejidad de las manifestaciones clínicas que caracteriza a los TEA, sugiere una etiología multicausal. A una fuerte predisposición genética se asocian múltiples factores entre los cuales se destacan las alteraciones que resultan de los desbalances en la microbiota gastrointestinales. Objetivos: Estudiar la colonización por levaduras y la presencia de manifestaciones gastrointestinales asociadas a esta patología. Materiales y Métodos: Se efectuó un estudio descriptivo, prospectivo de corte transversaly comparativo entre 30 pacientes con TEA y 15 niños sanos. Se procesaron muestras de heces para determinar la cantidad de unidades formadoras de colonias por gramo de heces. La identificación de los aislamientos y de sus patrones de susceptibilidad se realizó mediante los sistemas comerciales API 20 C AUX y ATB^TM Fungus 3 respectivamente. Resultados: Los porcentajes de colonización fueron similares en ambos grupos (66.67%). No obstante, la intensidad de colonización ≥ a 10⁴  ufc/g fue del 40% para los niños con TEA en comparación con el 13.3% detectado en el grupo control. No se observaron diferencias entre las especies de levaduras que se aislaron a partir de las muestras fecales de los niños con TEA y los individuos del grupo control. Los estudios de susceptibilidad in vitro demostraron que el 95.24% de los aislamientos obtenidos de los pacientes con TEA y el 100% de los procedentes del grupo control fueron sensibles a todos los antifúngicos. Sin embargo, al analizar el comportamiento de las concentraciones mínimas inhibitorias  de anfotericina B, fluconazol y voriconazol frente a todos los aislamientos, se demostró una discreta tendencia a la disminución de la sensibilidad en los obtenidos de los pacientes con TEA. Conclusiones: Este resultado sugiere que la posible conexión entre los TEA y las levaduras del género Candida  no es dependiente de la especie que coloniza la mucosa intestinal. Este trabajo es el primero en abordar esta temática en niños con TEA en Cuba.